Década de 1990 e a Geração Túlio Maravilha

Com as vitórias estaduais em 1989 e 1990, o Botafogo começou retornar a seu posto de vencedor. Passados vinte anos, o clube voltou em 1992 a uma final de Campeonato Brasileiro. Disputou com o rival Flamengo o título nacional daquele ano em duas partidas no Estádio do Maracanã.

O primeiro jogo foi marcado em suas vésperas por uma polêmica: o então craque o time Renato Gaúcho fez uma aposta com os jogadores do time adversário, se perdesse faria um churrasco com eles. O Botafogo perdeu o primeiro jogo por 3 a 0 e Renato cumpriu sua aposta. Este fato não foi bem visto pela diretoria alvinegra que afastou o jogador do elenco, logo Renato não pôde participar do segundo jogo da final. Nesta partida, o Botafogo saiu perdendo, mas bravamente conseguiu empatar em 2 a 2, placar final. O Botafogo sagrava-se vice-campeão e conseguia uma vaga na Copa Conmebol do ano seguinte. Porém, um fato triste marcaria definitivamente aquela partida. A arquibancada cedeu e dezenas de pessoas caíram sobre o antigo setor da geral do estádio, matando três torcedores do Flamengo. Nunca mais o Maracanã receberia um público tão grande quanto aquele de 122 mil pagantes.

Time titular de 1992

Em 1993, mesmo com toda a fama e reconhecimento ao redor do mundo obtido ao longo de sua história, o clube finalmente conquistou seu primeiro título internacional oficial. Ganhou, apesar do time fraco tecnicamente, do uruguaio Peñarol a Copa Conmebol, uma das mais importantes competições do futebol sul-americano que atualmente é representada pela Copa Sul-Americana, nos pênaltis. No ano seguinte, habilitado para a disputa Recopa Sul-Americana contra o vencedor da Libertadores de 1993, o alvinegro perdeu para o São Paulo, o título numa partida no Japão com placar de 3 a 1. Este ano de 1994 ficou marcado ainda pelo regresso do Botafogo à sua sede histórica de General Severiano na administração do presidente Carlos Augusto Montenegro.

Time titular campeão da conmebol

Em 1995, o Botafogo conquistou o seu único Campeonato Brasileiro desde que a competição passou a ser organizada pela CBF em 1971. Com uma equipe onde alinhavam o ídolo Túlio Maravilha, Gonçalves, Donizete, Sérgio Manoel, Wilson Gottardo, Wágner, entre outros, destaca-se também a atuação do técnico Paulo Autuori, que guiou o alvinegro na sua conquista contra o Santos em dois jogos finais bastante polêmicos. Neste ano, graças ao carisma de Túlio, que foi artilheiro dos campeonatos nacionais e estaduais de 1994 e 1995, houve um elevado crescimento de torcedores do clube que não se via há muito tempo.

Time campeão em 1995

No ano seguinte, o clube conquistou a Taça Cidade Maravilhosa, e numa excursão internacional brilhante, o Botafogo conquistou o Troféu Teresa Herrera, na Espanha, a Copa Nippon Ham, em Osaka no Japão, e o Torneio Pres. da Rússia, vencendo grandes clubes como Juventus, Deportivo La Coruña e Auxerre. Na Libertadores, foi eliminado nas oitavas-de-final pelo Grêmio.

Comemoração do Teresa Herrera

Em 1997, o Botafogo ganhou mais um campeonato estadual do Rio de Janeiro, novamente contra o Vasco, com um gol de Dimba na final vencida por 1 a 0. E no ano seguinte conquistou o Torneio Rio-São Paulo pela quarta vez, recorde entre os clubes cariocas.

O vice-campeonato da Copa do Brasil contra o Juventude em 1999 decepcionou os 101.581 pagantes presentes a final que foram contagiados pela excepcional campanha do time na competição. O segundo jogo da final foi última vez que um dos grandes clubes cariocas colocou, em jogo contra equipes de fora da cidade, mais de 100.000 torcedores no Estádio do Maracanã.

Na virada do século o clube foi incluído pela FIFA como um dos maiores clubes do século XX (o terceiro do Brasil), atrás apenas de clubes como o Real Madrid, Manchester United, Bayern Munique, Barcelona, Santos, Flamengo etc.

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